羽田爱qvod 16S+代谢组学联用常见问题一揽子告诉你谜底
发布日期：2024-10-05 14:08 点击次数：191
微生物16S分析率性了样本中微生物的种类和可能具有的功能羽田爱qvod，但是微生物确实有这样的功能吗？怎么能快速准确地作念出率性呢？那就来试试16S+代谢组学联用的法子吧。
羽田爱qvod
组学联用，一个率性微生物种类，一个率性微生物功能，还能发高分著述，why not？
1、16S是什么？
16S rDNA是指细菌基因组中编码核糖体16S rRNA分子所对应的DNA序列，序列全长约1540bp，包含10个保守区和9个高变区（V1-V9）。保守区序列在细菌间各别不大而高变区则具有种属特异性，因此最常用作细菌分类步调。通过对环境样品的细菌总DNA进行索求，扩增其中16S rDNA基因，不错率性出绝大多数细菌类别。
2、代谢组学是什么？
代谢组学是继基因组学和卵白质组学之后发展起来的新兴的组学技能，是系统生物学的组成部分。其对生物体内通盘小分子代谢物进行定性定量分析，并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的征询形势，其征询对象大齐是分子量1500以内的小分子物资。
3、为什么要汲取作念16S+代谢组学？
16S仅仅征询了肠谈微生物的组成和组份的更正与宿主的生理以及东谈主类的疾病关联。关联词，肠谈微生物对宿主的作用其中一方面孝顺是通过肠谈中微生物产生的小分子次级代谢居品，通过轮回系统来作用于东谈主体的各个部位，调控宿主体内的稳态，比如许多征询发现，肠谈微生物的代谢居品对糖尿病、高血压、腹黑病和抑郁、肠谈的免疫等疾病齐有影响。16S不错得回样本当中有哪些微生物，和揣测他们的功能，而代谢组学征询代谢物的抒发量、代谢物与生理病理变化的关系，大概匡助细则这些功能是否确实发生了，发生的进度是什么样的。两者的联用，不错通过代谢组终局的检测补助和考证16S分析终局；两者的会聚分析不错得回微生物各样性、种类、相对品貌与代谢物品貌的关联。
4、代谢组学与其他组学比拟，有什么上风？
①基因和卵白质抒发的细微变化会在代谢物水平得回放大；
②代谢组学的征询不需进行全基因组测序及拓荒无数抒发序列标签的数据库；
③代谢物种类远少于基因和卵白的数量，每个生物体中代谢居品梗概在103数量级，而最小的细菌，其基因组中也有几千个基因；
④生物体液的代谢物分析可反馈机体系统的生理和病理景况。
5、与16S联用时，如何汲取是用非靶标代谢组仍是高通量靶标代谢组？
如果莫得非常温和的代谢物资冷漠汲取非靶标，不错检测出某一特定条目下通盘的代谢居品，并进行定性和相对定量分析，以寻找策画各别代谢物；如果相温和的策画代谢物冷漠汲取高通量靶标代谢组，对特定的代谢物群进行有针对性的特异性检测。
6、16S 与代谢组联用时，一般检测哪些样品类型？样本量需要若干？
代谢组与16S联用时，16S的样品主如果粪便和肠谈本体物；而代谢组的样本主如果粪便、血浆或血清、尿液等（具体样式不错参考相应的参考文件）。
临床标本：每组100例（不少于30例，越多越好）
口头动物：每组12个样品（不少于8个羽田爱qvod，越多越好）
珍摄：服气“保合手最鲜嫩的景况”原则，通过低温、淬灭的法子终止离体后的代谢活动。样品不成pooling，不成反复冻融；血清/血浆不成溶血；如果是用血浆，请用肝素钠抗凝，EDTA抗凝效用不好。
7、代谢组为什么需要这样多生物学重迭？
相较于基因和卵白，代谢物处于生命活动的下流，动态波动性大。因此需要好多生物学重迭来增多数据的可靠性和劝服力。
8、代谢组和16S的样品取样时辰不错不一致？
冷漠取样时辰一致。
若代谢组和16S样本类型同样，那么在集结样品的时候不错多准备一份样品，即一个样分装至少2两管，一管用于16S，一管用于代谢组。
若代谢组和16S样本类型不同样，也应该要保合手同样的取样时辰。
9、消灭样本的代谢组为什么不成分两批检测？
最佳不要分红两批检测，因为这两个时辰点仪器的响应会发生变化，这样可能导致的问题是一些含量低的物资可能只在一个批次里被检出。
10、代谢组学我该汲取哪个平台？
代谢组学的技能平台主要分为NMR（核磁共振谱）、GC-MS（气相色谱-质谱联用）、LC-MS（液相色谱-质谱联用）。
NMR的特质是样品需求量小，前处分比较浮浅，关于复杂的生物样本比较稳妥；但对读谱东谈主员的要求高；颖异度低，检测动态范围有限。
GC-MS和LC-MS的特质是联接了色谱淡雅的分离才调和质谱的普适性、高颖异度以及专一性，具体而言GC-MS分辨率、汲取性好，数据库较为健全，但样品处分历程繁琐；LC-MS颖异度、分辨率高，不错分析不踏实、不易繁衍化、难蒸发和分子量大的代谢物，可对极性化合物有较好的检测。但数据库不健全，可率性的化合物有限。
因此在汲取平台时应联接自己样本情况与个体需求，轮廓谈判。
11、色谱质谱串联的上风是什么？
使用颖异度更高、分辨率更高、定性才调更强的质谱仪代替了光学检测器。将色谱的分离才调和质谱的分辨、定性才调强强会聚，不错对更多的物资进行准确检测。
12、与16S联用时，代谢组检测平台一般汲取GC-MS，仍是LC-MS？
两种平台齐不错，因为检测平台是依据检测的代谢物类型来保举的，具体参考如下图：
人体艺术摄影
13、能别离哪一个是寄主的代谢居品，哪个是哪种微生物的代谢居品吗？
通过肠谈菌群非靶向代谢组学的自建数据库，筛选出代谢物是微生物专有的，哪些是共有的，哪些是宿主的。
注：1166个肠谈菌群专有的代谢物（其中884个有MS2谱图），868个东谈主菌共有的代谢物，366个东谈主专有的代谢物，共计共2400个。
14、作念了代谢组学发现莫得各别，该怎么办？
如果莫得找到各别代谢物，那么还不错就检测到的物资进行KEGG Patheway分析，即对代谢物参与的代谢通路进行征询，不雅察是否有其他的补给阶梯、代谢阶梯与疾病之间是否存在一定的关联性。
15、代谢组检测终局的物资称呼齐是英文的，我需要中语称呼怎么办？
冷漠把柄物资的KEGG称呼和CAS号在“爱化学”（）网站查询中语称呼。
16、如何对各别代谢物作念进一步的筛选？
一般是使用 P值<0.05 & VIP>1这样的卡值来进行各别物的筛选。
P值开端单元变量统计分析，VIP值开端于多元变量统计分析（开端于 OPLS-DA模子）表征该变量对两组各别的孝顺值，固然VIP值越大对各别孝顺越大。
使用P值<0.05 & (FC>2或FC<0.5) [FC= Fold change]来进行各别物筛选亦然有这样的作念法，但是P值和FC值齐开端单元变量统计分析。保举使用P值<0.05 & VIP>1的筛选法子。
在此基础上要作念进一步的筛选的话，有以下几个法子：
1）P 值<0.05，对VIP值作念排序（VIP值越大，各别代谢物越有道理）
2）VIP>1，对 P值作念排序（P值越小，各别代谢物越有道理）
3）在 P 值<0.05 & VIP>1 的范围内，对FC值作念排序（大于2的FC，越大越有道理；小于0.5的FC，越小越有道理）
截止更严格的基础筛选条目，比如：P值<0.01 & VIP>2。重作念以上三种法子。
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